スプラトゥーン3でマッチメイクが遅い場合があるんですが、その場合もキャンセルはできないのでしょうか？

キャンセル出来ないですね。
アプリを一々落としてると時間かかるので、ホームに戻って10秒程放置してからアプリに戻ると勝手にエラーで落ちるのでそうするといいと思います。