スプラトゥーンで普段ガールのキャラを使っていてます。 質問ですが、 アミーボはボーイも使えますか？

ガールの服をボーイに着せることも可能で逆も可能

イカ娘の服をボーイに着せることが出来るでしょ？

アミーボも武器も服も同じだよ

amiiboとプレイヤーキャラの性別は一切関係ありません。性別が違っても普通にプレイできます。
実際私もガールでローラーチャレンジとか、ボーイでチャージャーチャレンジとかできました。

どうしても気になるのなら、GamePad側のプレイヤー設定からキャラの変更をしてください。
性別、肌・目の色を変更できます（私はその日に初めてプレイする際に性別を変更してます）。