FGOで、私は基本的に自前のマーリン、フレンドキャストリア、自前アタッカー１人で攻略してます。
１，基本的にアーツでNPを貯めてキャストリアの粛正防御で攻撃を受け付けない。
２，万が一アーツが出なくて相手宝具のときとかにNPがなくてもNPスキルを1個くらいいつも予備に残しておくので大丈夫
３，相手が宝具貫通じゃなければ、マーリンの全体無敵スキルも活用
４，多少の攻撃を受けても生き残りさえすればマーリンの宝具で回復
５，自前アタッカーのNPがたまったら宝具で攻撃
という感じでやってます。
めっちゃ呪いかけてきたり、防御力高かったり、無敵だったりする相手には礼装やマスタースキル、アタッカーのスキルでカバーする感じで。
自分は結構いいパーティーだと思っているのですが、攻略動画や攻略報告掲示板を見ても同じような編成でやっている人はいません。
この編成にはどんな穴があるのでしょう？
また、その穴を埋めるためにはどのような対策が効果的でしょうか？
仰る通り、結構良いパーティーだと思いますよ。
ただ、最適解出ない場面も多いのです。
fgoの戦闘は概ね
・フリークエストの周回（イベントや普段の素材集め、宝物庫等）
・イベントクリア後の高難易度クリア
・メインストーリーやイベントのストーリー戦闘
の３種類があるかと思います。
フリクエの周回の場合は既に敵の編成と体力が分かっており、何回も周回する必要があるため「スキルでNPを貯めて宝具で全滅→次も宝具で一掃→…」と、3ターンで確実に終わらせられる編成がベストになります。
そのためみんなは、耐久しながら様子をうかがうパーティではなく
NPばら撒いて宝具3連打して終了になるパーティを組みます。
イベントクリア後に解放される高難易度については
ギミックが重たいので、そもそもキャストリア+マーリン+アタッカーだけだと手が回りきらない事が多いです。
そういう汎用編成が基本的に通じないので、毎回専用の編成を組むことになります。
そうなると、都度専用編成を組むのは面倒だけど
1回しかいかないストーリー戦闘のために3ターン周回編成を組むのは馬鹿らしいので
ここであなたの汎用的な編成の出番になります。
ただ、この汎用編成でいけるストーリー戦闘って『そもそも攻略動画や攻略情報が要らない程度の難易度』のため
記事にしたり動画にする人がいないのです。
そういう意味だと特に穴らしい穴はない（そのパーティでいけない所はそもそも汎用的なパーティじゃいけないので、専用パーティが必要）と思いますよ！
時間がかかる
周回ゲーでそんなちまちまやってられないです
“穴”ではないけど、
「時間のかかる攻略法」だし、「最適解ではない」ので挙げる人がいないのだと思う。
3Tでクリアできる方法があるなら、わざわざ10Tとかかけたくない、っていう人が多いのだと思う。
↓のような理由で見かけることが少ないだけだと思います。
・耐久よりのPTで動画映えしないので動画にする人がいない
・耐久PTでの最適を求めてもマーリン、キャストリア、卑弥呼の組み合わせが非常に負けにくく有名な構成なので、わざわざ別のアタッカーをいれて掲示板で報告する人がいない
速攻面では微妙ですが、サポータ同士としてはキャストリア&マーリンはお互いに欲しいバフを持っているので悪くない組み合わせだと思います。
既に答えている方もいらっしゃいますが、あと一人を卑弥呼かモルガンにすればPTとしてより完成しますね。
だって特に理由無ければｗキャストリアで宝具ぶっ放す方が早いし、高難度ならその都度調整だけどやっぱり大体はｗキャストリアで解決するし。
基本的には、攻撃鯖がアーツ宝具ならキャストリア2体と攻撃鯖、攻撃鯖がバスター宝具ならコヤンスカヤ2体と攻撃鯖、攻撃鯖がクイック宝具ならスカディ2体に攻撃鯖という編成が無難だと思います。