みなさんはドラクエに仲間会話システムは必要だと思いますか？かなりのリソースを割くので制作スタッフ

適材適所というべきなのか、あれは一種の”相談システム”の進化派生だと思います（意外と歴史は古く自分はやのまんの”アレサ”シリーズを思い浮かべたり）。
受動的感性が強い人には魅力的に感じるのですが、古典的な能動派のプレイヤーには一考の余地アリ。スペックや容量が強くなるとクリエイターはどうしても何でもアリの方向へシフトしたがるのは考え物です。結果的にクオリティに繋がるのなら文句の余地はないんですが…（そもそもNPCとの関わり方もRPGの重要なポイントなのだから魅力的に感じるのは当然）
しかしご質問通り、内容が壮大になればその負担は言わずもがなです。
整合性チェックやキャラクターの設定管理（ドラマ、アニメでいうシリーズ構成担当者）も徹底しなければ目も当てられません。
肥大化したRPG、特に誉高のドラクエの制作現場は人が考える以上。もはやファミコン時代の比ではありませんが、それでも評価するのは他人です。
何よりも苦心してるのは堀井さんでしょう。
Ⅵやリメイク版Ⅲのおもいだすとか、ああいう素朴なアイディアでも充分だと思います。整理もし易い。
つらつら振り返るにⅦは無理をしていたんだな…とも思いました。
キャラクター性の強い作品がすべてではないし、それを邪魔に感じる人も多い。想像の中で補完するのも立派なプレイスタイルです。

キャラの深掘りに繋がるのであった方がいいと思います。
ただ、３や９の様に固定キャラでないなら無い方が自然だと思います。

あの仲間会話システムがあることのメリットは、町の誰かに話を聞きに行かなくても、フラグさえクリアしていれば、仲間におおよそのヒントを思い出すように語ってもらえることです。

あと、仲間会話システムが必要ない方は、利用しなければよいだけとも言えはします。
(11だったかのように、強制的に会話が始まったりというのがあるかもそれませんが。)

もしも仲間会話システムがないと仮定すると、つまりはその分、もっとストーリーやシステム、やり込み要素に力を入れてほしい…という意味なのでしょうか。

そもそも、容量が多くなっていくにつれ、システムややり込み要素はかなり入ってきました。

ドラクエ９だったかで言えば、見た目(アバターみたいなの)も変わる仕組みもありました。

余った容量はいろいろとシャレた些末的なことに使われているので、仲間会話システムがなくなったとして、どれだけさらに内容を深めるのがよいのでしょうか。

まぁ、ともあれいいものができるといいですね。