龍が如くをやっていていつも思うのですが、なぜ組織に追われている場合、神室町の外からでないんでしょ

まぁゲームだからです。
龍シリーズやってるならわかると思いますが
○○からの連絡を待つ
等の何をしていいかわからない時間ってプレイしていて「いいから早く進ませて」って思うシーンがあると思います。
例に挙がっている0の桐生ですが
「1日逃げ続けろ」
なんてあったらダレますし、逃げた先のマップも用意しなければなりません。
仮にマップを用意せず、ムービーだけで済ませたとしても、今度は逆に堂島組はなぜ神室町以外に捜索範囲を広げないのかという矛盾も生まれてしまうので、結局のところゲームのご都合主義だと思います。