龍が如く２のサブストーリーの将棋・麻雀・パチスロを飛ばしたまま進行してしまったのですが、これら…

可能です。極端に言えば、最終16章で「準備ができた」の選択をしなければ、無制限に自由行動可能となります。東京～大阪も自由に行き来できます。

ギャンブル系のサブストーリーに限らず、全サブストーリーに限定要素がなく、16章で全てできます。