あの、龍が如くで、亜門って一回戦ったら全シリーズ共通で、もう一度戦う事は出来ないんでしょうか?

基本一回ですが、亜門戦直前にセーブし、そのデータをロードすることにより何度でも戦えます。

6はオートセーブなので、直前データを２個以上作成するなど注意が必要です。