龍が如く7とロストジャッジメント（ジャッジアイズ2）ではドン・キホーテで買い物するシステムが消え

しないと思います。

恐らく７から広告費を取り始めたんだと思います。
（それまでは「タイアップ」という名目で無料）
ドン・キホーテはそれを嫌ったのかと。

ドン・キホーテが広告費を払うという見込みが薄いと判断して、龍が如くスタジオのほうではドン・キホーテのところに神室署を作ったんだと思います。出来たばかりの神室署を潰すのは不自然ですから、復活する可能性はないと判断します。