龍が如く0の後にオリジナルの1をやると、ストーリー的には1の方が後の話ですが違和感ありますよね？

いや、ないと思いますよ。逆にあれは過去にこんなことがあったから、そうなったんだなぁとか気付けることも多くて、むしろ面白さが増すと思いますね。極の方をやれば、グラフィックやシステムの差もそう劣りはしないと思いますし。