fgoのメインストーリーで今後、エミヤが出てくる可能性ってありますかね？

まず間違いなく出るでしょう。
この後キャストリアが出る際、縁がありますし、協力関係か、カウンターとしてかは分かりませんが出てくる可能性はありますし、
村正にも同様。
そして何より第一部終了時に殆どのサーヴァントが応援に駆けつけたように、第二部ラストもオールスター共演という感じで出てくる可能性が高い。

今のところは無いです。