FGOの質問です。 本物の佐々木小次郎が出てくる可能性はありますか？

ないです。
「佐々木小次郎は実在しない、架空の人物」というのがFateシリーズの設定ですからね。それがひっくり返ってしまうと今いるNOUMINことアサシンの佐々木小次郎の存在がおかしくなってしまいますし。

存在しません。