信長の野望には本願寺顕如が大名として登場しますが、石山本願寺は大名といえる勢力だったのでしょうか？

むしろ、最大の大名と言っても過言ではないかと。実質所領は全国各地と言えるでしょうね。各地に門徒がおり、それらは本願寺に莫大な金を生み出し、普通の大名より裕福な所でしょう。

であったため、信長が一番苦戦したのが本願寺であり、本願寺との戦いで、織田信広らの一門はじめ、塙直政らを失い、明智光秀が窮地に陥り、信長も負傷するなどしています。

下手な弱小大名どころか、戦国最強とも言えなくもないと思いますよ。

寺領を持ち、それを実力で守れるだけの武力を持ち、各地の本願寺派寺領への名実ともにある命令権を持つ。戦国大名として必要な要件は問題なく揃っています。
むしろ｢おらが村の戦い｣として積極的に参戦する人々を抱えているぶん、大抵の大名より強力ですよ。