Fate Grand Orderにて、利用規約に違反したアカウントとはどのようにあぶり出される…

他の方も書かれていますが運営側の機密事項なのでユーザーが具体的な方法を知ることはできません。

ただ、一般論としてはFGOのような形式のソフトウェア（ゲームに限らず）であれば「どのユーザーが、いつ、どんな操作をしたか。その結果どうなったか」という記録はすべて残すことが可能です。
要はユーザー側が何をしてるかは運営側がその気になれば全部わかるようになってるってことです。さすがに全部を常時監視するわけには行かないので怪しい動きをみつけて取り出す仕組みを作ってるでしょうが、その基準はそれこそ機密事項、ですね。

運営がやり方を教えるはずがありません