FGO 水着キアラ使ってみて強いって感じたんですけど、スキルの優先度ってどうなってるんですか？

S2＞S3＞S1
の順ですかね。

S2はNP獲得量に直結するので最優先です。最大で30([人魚の滋養]状態1個でつき40増加, 2個で50)です。
あとスター生成数も増えます。最も恩恵があります。

S3は防御デバフの倍率が上がります。とはいえ、S2に比べるとそこまで重要ではないです。S1に比べたら優先度は高いかなと言った感じです。水着キアラは宝具火力が高めですが、殆どの場合、等倍のエネミーを相手にすることになるので防御デバフは意外と重宝するかもしれません。

S1はガッツの回復量とHP回復量なので周回面ではスキラゲする必要がありません。水着キアラで耐久込みの運用をするなら有用なスキルだとは思いますが。