スプラトゥーン3でスプラ2のデータを引き継いだのですが、そのせいで敵が毎回強すぎて辛いので、セーブ

残念ながら消す方法はありません
今は発売直後なので上級者が混ざったマッチングになっていますが、しばらくすると落ち着くので少し待ったり他のモードで遊ぶのも手かもしれません

どうしても最初から遊びたい場合は別のアカウントでやり直してください。
その場合、別のアカウントでもNintendo Switch Onlineに加入する必要があるほか、元のアカウントにセーブデータを移すことなどはできません。