FGOの平安京(5.5章)ってクリアしなくても6章やれると思いますか？

無理ですよ。「と思う」のではなく、無理です。
平安京をクリアしないと６章のバナーは出てきませんし、5.5章はメインストーリーだと公式でしっかりアナウンスもされています。

平安京をクリアしないと6章のアイコン出てこないんじゃないですか？ちなみに既に平安京をクリアしてると6章のアイコン出てきますよ

ストーリー的にやらないと出来ないと思われます。