将棋ウォーズでわからないところで棋神を使うのは勉強になるのでしょうか？

これは有り得ない状況でしょうけど、そういう場合が勉強になるのは、3時間ぐらい自力で考えた後だと思います。

こういう質問している人には効果ないかもね。
将棋の上達は時給のバイトみたいに時間が経てば必ず給料が入るって感じじゃないからね。
バイトに例えるなら何年働いても一円も給料入って来ないようなこともあるんだよね。
でもまあ、
その局面にいつも出くわしていて、後から棋譜解析なりして調べたくないなら何もしないよりは効果あるよ。
二度と出てこない局面で棋神使ってしかも忘れるなら効果はない。
知能が高ければ棋神がなぜそれを選んだのか理解できて感心して「ためになるなあ」と思うこともあるだろうが、ただ棋神をタップしただけなら何にもならない。